理研セミナー

高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト
第6回連携研究会

2007年8月3日(金) ～ 8月5日(日)

1.Thermus thermophilus HB8 のシステム生物学へ向けて

倉光成紀，新海暁男，海老原章郎，他 Thermus グループ
（理研播磨研放射光システム生物学研究会グループ）

1.シグナル伝達系と遺伝子発現制御の包括モデル解析を目指して

畠山眞里子
（理研 GSC）

2.ヒト腸内細菌叢のメタゲノム解析

服部正平
（東大・院新領域）

3.酵母ゲノムはどこまで読み解かれたか？

伊藤隆司
（東大・院新領域）

4.Thermus thermophilus のポリアミン代謝系遺伝子と酵素

大島泰郎
（共和化工株式会社環境微生物学研究所）

5.耐熱化したアミノグリコシド系抗生物質リン酸化酵素の構造解析

矢嶋俊介¹，飯野大輔¹，中村顕²
（¹東京農大・応生，²筑波大学・院・生命環境）

6.複数のマイクロアレイの発現データを用いたウェルシュ菌のオペロンおよび共発現、逆相関している遺伝子群の解析

久原哲
（九大・院農）

7.大腸菌代謝ネットワークのmulti-omics解析

石井伸佳^1,2，○中東憲治^1,2，馬場知哉^1,2,3，Martin Robert^1,2，曽我朋義^1,2,6，金井昭夫^1,2，平沢敬^1,2，那波幹¹，平井健太¹，Aminul Hoque^1,2，Pei Yee Ho⁵，嘉数勇二¹，菅原香織¹，五十嵐沙織¹，原田諭¹，増田豪^1,2，杉山直幸⁶，富樫貴¹，長谷川美紀¹，高井幸¹，柚木克之^1,2，荒川和晴¹，岩田那由太^1,2，戸谷吉博^1,2，中山洋一^1,2，西岡孝明^1,2,4，清水和幸^1,2,5，森浩禎^1,2,3，冨田勝^1,2
（¹慶大・先端生命研，²慶大・政策メディア・システムズバイオロジープログラム，³奈良先端大・バイオ，⁴京大院・農，⁵九工大・情工，⁶ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ(株))

8.メタボロミクス－代謝を研究する新しいOmics 分野－

有田正規
（東大・院新領域）

9.機能付加型シロイヌナズナ変異体の作出と解析

松井南
（理研 PSC）

10.枯草菌の細胞システムのゲノムからの理解

小笠原直毅
（奈良先端大・情報科学）

11.Thermus thermophilus HB8 のタンパク質合成システム

横山茂之^1,2，別所義隆¹，竹本千重¹
（¹理研 GSC，²東大・院理）

12.大腸菌遺伝的ネットワーク解明に向けて

森浩禎
（奈良先端大・バイオサイエンス）

13.T. thermophilus におけるアミノ酸代謝・生合成に関する研究

西山真
（東大・生物生産工学研究センター）

14.Thermus thermophilus に感染するファージ

玉腰雅忠
（東薬大・生命科学）

15.Thermus thermophilus HB8 のシステム生物学へ向けて：タンパク質発現

松浦紀子，松本香代子，青木直子，佐藤伸哉
（理研播磨研）

16.Thermus thermophilus HB8 のシステム生物学へ向けて：Mistic を用いた Thermus thermophilus HB8 由来膜タンパク質の大量発現

桑原直之^1,2，中川紀子^1,2，大谷直人³，倉光成紀^1,2，金澤浩¹
（¹阪大・院理・生物，²理研播磨研，³慶応大・先端研）

17.Thermus thermophilus HB8 のシステム生物学へ向けて：タンパク質精製

井上由美子，浮田陽子，西田雅美，柳楽武志，高原教代，岡田眞理子，宇多麻樹，尾崎愛美
（理研播磨研）

18.Thermus thermophilus HB8 のシステム生物学へ向けて：蒸気拡散法、マイクロバッチ法、FID 法におけるタンパク質結晶化実験の比較

飯野均¹，内藤久志¹，仲村勇樹²，海老原章郎¹，広津健^1,3
（¹理研播磨研，²ファルマ・アクセス，³大市大・院理）

19.Thermus thermophilus HB8 のシステム生物学へ向けて：結晶化構造解析

飯野均，北村吉章，金川真由美，佐藤伸哉，満足美穂，坂本恵子，柳楽武志，有馬登志，上利和子，揖場朱香，堀田佳子，野中由華，尾崎愛美
（理研播磨研）

20.SPring-8 でのタンパク質微小結晶構造解析の現状と将来

清水伸隆，河本正秀，長谷川和也，二澤宏司，上野剛，平田邦夫，熊坂崇，山本雅貴
（理研/JASRI/SPring-8）

21.Thermus thermophilus HB8のシステム生物学へ向けて：遺伝子破壊株作製、および、mRNA 発現解析

上利佳弘，大森美和，中川紀子
（理研播磨研）

22.BRC からのタンパク質発現ベクター提供のご案内

放射光システム生物学研究グループ
（理研播磨研）

23.Thermus thermophilus HB8 のシステム生物学へ向けて：タンパク質機能発見情報の Wiki を利用した共有

森田理日斗¹，石川大仁¹，大賀拓史¹，若松泰介²，妻鹿亮介²，井上真男¹，島田敦広¹，中根修平¹，中川紀子^1,3，増井良治^1,3，倉光成紀^1,2,3
（¹阪大・院理・生物科学，²阪大・院生命機能，³理研播磨研）

24.Thermus thermophilus HB8タンパク質の機能発見研究：T. thermophilus CRPの機能解析

新海暁男，上利佳弘
（理研播磨研）

25.Thermus thermophilus HB8 タンパク質の機能発見研究：新規 cAMP 非依存型 cAMP receptor protein様蛋白質の構造・機能解析

新海暁男，上利佳弘
（理研播磨研）

26.生育環境変化によるtRNA修飾酵素生産量の変動

岩下知香子¹，堀弘幸^1,2
（¹愛媛大・院理工・物質生命工学，²愛媛大・ベンチャービジネスラボラトリー）

27.翻訳伸長因子EF-TuとtRNA修飾酵素の相互作用解析系の構築

中村仁¹，堀弘幸^1,2
（¹愛媛大・院理工・物質生命工学，²愛媛大・ベンチャービジネスラボラトリー）

28.Pyrococcus horikoshii 由来TYW1 のX 線結晶構造解析

伊藤（後藤）桜子¹，石井亮平²，伊藤拓宏¹，柴田理恵²，房富絵美子²，別所義隆^2,3，横山茂之^1,2,3
（¹東大・院理・生化，²理研・GSC，³理研・播磨）

29.古細菌/真核生物型フェニルアラニル tRNA 合成酵素 (PheRS) の校正機構

佐々木浩¹，関根俊一^1,2，横山茂之^1,2
（¹東大, ²理研 GSC）

30.古細菌のセリルtRNA 合成酵素によるtRNA 認識機構の構造生物学

伊藤弓弦^1,2，関根俊一^1,2，寺田貴帆²，白水美香子²，横山茂之^1,2
（¹東大・院理・生物化学，²理研・GSC）

31.グルタミルtRNA 合成酵素によるtRNA に依存したアミノ酸認識のメカニズム

関根俊一^1,2，七里美雅¹，Stephane Bernier³，Robert Chenevert³，Jacques Lapointe³，横山茂之^1,2
（¹理研播磨，²東大・院理，³Universite Laval）

32.Crystal structure of the leucyl/phenylalanyl-tRNA-protein transferase, an N-end rule pathway enzyme from Escherichia coli

Xuesong Dong¹，加藤美幸¹，村松知成¹，森浩禎²，白水美香子¹，別所義隆¹，横山茂之^1,3
（¹理研・GSC，²奈良先端大・遺伝子，³東大・院理）

33.Crystal structures of N2,N2-dimethyltransferase (Trm1) from Pyrococcus horikoshii

Ihsanawati¹，Rie Shibata¹，Madoka Nishimoto¹，Mikako Shirouzu¹，Yoshitaka Bessho^1,2，Shigeyuki Yokoyama^1,2,3
（¹RIKEN GSC，²RIKEN Harima Inst.，³Grad. Sch. Sci., Univ. Tokyo）

34.高度好熱菌 Thermus thermophilus HB8由来のtRNA Pseudouridine synthase I（TruA）

石井健¹，董雪松¹，柴田理恵¹，西本まどか¹，別所義隆^1,2，倉光成紀²，横山茂之^1,2,3
（¹理研・GSC，²理研・播磨研，³東大・院理）

35.核磁気共鳴法を用いたRimM タンパク質の構造と相互作用解析

川添将仁¹，鈴木咲良¹，龍口文子¹，松本英子¹，上西達也¹，白水美香子¹，武藤裕¹，竹本千重¹，横山茂之^1,2
（¹理研・GSC，²東大・院理）

36.リボソーム30S サブユニットと翻訳開始シグナル配列の相互作用

上西達也¹，Wilson DN²，竹本千重¹，Harms MJ²，川添将仁¹，末次京子¹，白水美香子¹，Fucini P²，横山茂之^1,3
（¹理研 GSC，²マックスプランク分子遺伝研，³東大院理生化）

37.リボソームと翻訳伸長因子の相互作用についての構造生物学的考察

竹本千重¹，Connell SR²，Wilson DN³，王宏飛¹，村山和隆^1,4，寺田貴帆¹，白水美香子¹，Fucini P³，Spahn CMT²，横山茂之^1,5
（¹理研GSC，²シャリティ・ベルリン医科大学，³マックスプランク分子遺伝研，⁴東北大・先進医工学研究機構，⁵東大・院理）

38.アポトーシス調節因子Bak-1 の結晶構造解析

王宏飛¹，竹本千重¹，岸下誠一郎¹，内窪友美¹，村山和隆^1,2，寺田貴帆¹，田仲昭子¹，菅野純夫³，Lirong Chen⁴，Zhi-Jie Liu⁴，Bi-Cheng Wang⁴，白水美香子¹，横山茂之^1,5
（¹理研GSC，²東北大・先進医工学研究機構・生命機能科学分野，³東大・院新領域，⁴ジョージア大，⁵東大・院理）

39.二重特異性脱リン酸化酵素の結晶構造解析

謝勇¹，竹本千重¹，岸下誠一郎¹，内窪友美¹，村山和孝^1,2，田仲昭子¹，寺田貴帆¹，白水美香子¹，横山茂之^1,3
（¹理研GSC，²東北大・先進医工学研究機構・生命機能科学分野，³東大・院理）

40.Pyrococcus 由来単一ドメインCoA結合タンパク質によるCoA認識の構造生物学的基盤

檜山卓也^1,2，Min Zhao³，北郷悠⁴，Min Yao⁴，関根俊一^1,2,5，寺田貴帆^2,5，黒石千寿⁵，Zhi-Jie Liu³，John P. Rose³，倉光成紀^2,5,6，白水美香子^2,5，渡邉信久⁴，横山茂之^1,2,5，田中勲⁴，Bi-Cheng Wang³
（¹東大，²理研・GSC，³Univ. of Georgia，⁴北大，⁵理研・播磨，⁶阪大）

41.Thermus thermophilus HB8 のシステム生物学へ向けて： DNA ミスマッチ修復系の解析

福井健二^1,2，西田雅美¹，井上由美子¹，柳楽武志¹，中川紀子^1,2，増井良治^1,2，倉光成紀^1,2
（¹理研播磨研，²阪大・院理・生物）

42.Thermus thermophilus HB8 タンパク質の機能発見研究：塩基除去修復系におけるEndonuclease IV の機能解析

富山理恵¹，中川紀子^1,2，増井良治^1,2，倉光成紀^1,2
（¹阪大・院理・生物科学，²理研・播磨研）

43.Thermus thermophilus HB8 タンパク質の機能発見研究：O6-methylguanine-DNA methyltransferase-like protein の機能解析

森田理日斗¹，中川紀子^1,2，倉光成紀^1,2，増井良治^1,2
（¹阪大・院理・生物科学，²理研・播磨研）

44.Thermus thermophilus HB8 タンパク質の機能発見研究：DNA 修復系酵素Endonuclease V の機能解析

井上真男¹，中川紀子^1,2，増井良治^1,2，倉光成紀^1,2
（¹阪大・院理・生物科学，²理研・播磨研）

45.Thermus thermophilus HB8 タンパク質の機能発見研究：DNA ポリメラーゼ X の分子機能解析

中根修平¹，中川紀子^1,2，増井良治^1,2，倉光成紀^1,2
（¹阪大院理・生物，²理研・播磨研）

46.Thermus thermophilus HB8 タンパク質の機能発見研究：RecJ-like タンパク質の構造機能解析

若松泰介¹，中川紀子^2,3，海老原章郎³，増井良治^2,3，倉光成紀^1,2,3
（¹阪大・院生命機能，²阪大・院理・生物科学，³理研・播磨研）

47.Thermus thermophilus HB8 タンパク質の機能発見研究：3’-5’ exonuclease TTHB178 の分子機能解析

島田敦広¹，中川紀子^1,2，増井良治^1,2，倉光成紀^1,2
（¹阪大・院理・生物科学，²理研・播磨研）

48.Thermus thermophilus HB8 タンパク質の機能発見研究：機能未知タンパク質 Ndx8 の基質探索

大賀拓史¹，大橋由明^2,3，増井良治^1,4，曽我朋義^2,3，冨田勝^2,3，倉光成紀^1,4
（¹阪大・院理，²ヒューマンメタボロームテクノロジーズ株式会社，³慶應大・先端生命研，⁴理研・播磨研）

49.Thermus thermophilus HB8 タンパク質の機能発見研究：β-CASP ファミリーに属する新規RNase, TTHA0252 の構造機能解析

石川大仁¹，中川紀子^1,2，増井良治^1,2，倉光成紀^1,2
（¹阪大・院理・生物，²理研・播磨研）

50.Thermus thermophilus HB8 タンパク質の機能発見研究：機能未知タンパク質 Universal Stress Protein の X 線結晶構造解析

飯野均¹，海老原章郎¹，広津健^1,2，倉光成紀^1,3
（¹理研・播磨研, ²大市大・院理，³阪大・院理）

51.真正細菌における dNTP triphosphohydrolase の多様性

妻鹿良亮¹，近藤直幸^2,3，中川紀子^3,4，倉光成紀^1,3,4，増井良治^3,4
（¹阪大・院生命機能，²東大・医科研，³阪大・院理，⁴理研・播磨研）

52.The process of displacing the single stranded DNA binding protein from single stranded DNA by the RecF pathway proteins

Jin Inoue^1,2，Masayoshi Honda^1,2，Shukuko Ikawa¹，Takehiko Shibata^1,2,3，and Tsutomu Mikawa^1,2,3
（¹RIKEN Discovery Research Institute, ²Internatnional Graduate School of Arts and Sciences,Yokohama City University, ³RIKEN SPring-8 Center）